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单位医保网上申报流程为：1、缴费单位签订银行代扣权代缴协议后，向地税机关申请网络申报业务，经核准后接受培训；2、登录所在省的电子税务局；3、点击企业进入；然后点击申报缴税，在点击社保费管理；4、进入后，根据企业的实际情况申报缴费就行了。
单位医保网上申报需要的材料
1、税务登记证副本（企业提供）或组织机构代码证（行政事业单位提供）原件；2、《网上申报纳税协议书》（一式两份，单位加盖公章）；3、《委托银行扣缴税(费)协议书》(一式三份)（注：如果税收已签过该协议书，则不需要提供该项资料)。
单位医保网上申报办理须知1、缴费单位（人）在办理网上申报前，应认真学习网报操作知识，培训教材可到惠州地税网站 下载，如有问题，可以咨询主管税务机关；2、社保费当月申报当月缴纳；3、每人每月只能有一个申报工资；4、所有参加职工医保的，必须参加补充医疗保险；5、按规定，机关、事业单位、社会团体的所有职工和企业、民办非企业单位及个体工商户30周岁（含30周岁）以上职工必须参加综合基本医疗保险；6、退休人员不能参保除医疗保险外的其他险种；7、根据“户籍类型”及“用工形式”区分一般失业保险与农民工失业保险。若参保人员“户籍类型”为“本地农业户口”或“外地农业户口”，则“用工形式”必须选择“农村合同制工人”，申报失业保险时必须选择“农民工失业保险”；反之，“户籍类型”为“本地非农业户口”或“外地非农业户口”，则“用工形式”不能选择“农村合同制工人”，根据实际选择其他类型，申报失业保险时必须选择“一般失业保险”。8、网上申报的缴费单位，应按季度向主管税务机关报送纸质《社会保险费分险种申报汇总表》（申报表可在网上办税系统打印，并加盖单位公章）。9、其他注意事项(1)属于网报用户的缴费单位，必须在每月15日前，如实进行网上缴费申报，每天24小时皆可办理业务，申报日期以税务机关网上办税系统收到该申报数据电文的时间为准；(2)缴费单位申报成功后，应及时在网报系统发起扣款指令，确认扣费是否成功；(3)缴费单位在申报成功后发现申报有误，可以通过网报系统作废申报，然后再重新申报。作废申报的前提条件：必须是本月以网络申报方式申报成功而未清缴费款的申报记录;(4)网上申报只支持当月社保费的申报，不受理以往月份社保费申报；(5)缴费单位成功申报后，必须保证其银行扣税（费）账号有足额款项，以便费款扣缴，对余额不足，当月未成功扣费的，视为欠费，税务机关将按规定程序加收滞纳金；(6)缴费单位发现缴费项目核定中与实际情况不符导致未能网上申报的，缴费单位应先到主管税务机关申请调整缴费项目核定。
【法律依据】
《社会保险法》第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第三条社会保险制度坚持广覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，社会保险水平应当与经济社会发展水平相适应。
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